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动植物简化基因组

777娱乐下载 简化基因组利用酶切技术或其他实验手段降低基因组的复杂度,进而对基因组各类结构变异进行研究。常见的简化基因组测序有RAD和GBS。简化基因组通过对基因组特定区域进行测序,具有测序量低、性价比高、不依赖于参考基因组的优点,广泛应用在遗传图谱等样本量大的研究中。

应用领域

个体基因组变异检测
突变体功能突变位点定位
群体遗传学分析
全基因关联分析

技术路线

分析内容

有参考基因组

1. 基因组电子酶切评估 (必须基于参考基因组)
1.1 电子酶切评估统计
1.2 基因组染色体Tags统计
1.3 酶切位点的染色体分布
2. 测序数据评估
3. 原始数据过滤
4. 比对数据统计
5. Variant分析
5.1 SNP检测、注释与统计
5.2 InDel检测、注释与统计
6.群体结构分析
6.1群体主成分分析(PCA分析)
6.2群体进化树分析
6.3群体结构分析(STRUCTURE图分析)

无参考基因组

1. 测序质量评估
2. 原始数据过滤
3. GBS tag聚类/ RAD tag聚类和拼接
4. Variant分析
4.1 SNP检测、注释与统计
4.2 InDel检测、注释与统计
5.群体结构分析
5.1群体主成分分析(PCA分析)
5.2群体进化树分析
5.3群体结构分析(STRUCTURE图分析)

样品要求

样品浓度:≥25 ng/μl,总量≥2 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0

项目周期

777娱乐下载 标准流程完成时间为55个工作日。

参考文献
Xue H, Wang S, Yao J L, et al. Chromosome level high-density integrated genetic maps improve the Pyrus bretschneideri ‘DangshanSuli’v1. 0 genome[J]. BMC genomics, 2018, 19(1): 833.
Chen L, Gao W, Chen S, et al. High-resolution QTL mapping for grain appearance traits and co-localization of chalkiness-associated differentially expressed candidate genes in rice[J]. Rice, 2016, 9(1): 48.