777娱乐下载

遗传图谱

遗传图谱即遗传连锁图谱,是基因组研究中的一个重要组成部分,是指基因组中基因或 DNA多态性标记之间相对位置的图谱。 遗传图谱构建的基恩原理是通过计算标记间的重组率确定标记的相对顺序和距离(又称为图距)。通过简化基因组(RAD 或 GBS等方法)对作图群体进行基因分型,构建遗传图谱。然后基于高质量的遗传图谱,开展后续的基因组 scaffolds 排序以及 QTL 分析等其他分析。

应用领域
应用于基因组 scaffolds 的排序,改善基因组拼接质量;
QTL 定位

技术路线
总DNA提取--测序样品制备--上机测序--生物信息学分析

分析内容
1.多态SNP标记筛选
1.1亲本间多态标记筛选
1.2子代基因分型和标记过滤
1.3有效遗传标记筛选

2.遗传图谱构建
2.1上图标记完整性分布统计
2.2连锁群构建
2.3连锁图绘制

3.图谱质量评估

4.QTL分析

4.1 基于CIM模型的QTL分析
4.2显著位点的筛选
4.3基于QTL分析结果绘图
4.4基于2-LOD置信区间的QTL区间定位
4.5 QTL区间内相关候选基因的功能注释;(必须要有参考基因组)

样品要求
777娱乐下载 样品浓度:≥25 ng/μl,总量≥2 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0


项目周期
标准流程完成时间为55个工作日

参考文献
Xue H, Wang S, Yao J L, et al. Chromosome level high-density integrated genetic maps improve the Pyrus bretschneideri ‘DangshanSuli’v1. 0 genome[J]. BMC genomics, 2018, 19(1): 833.
Chen L, Gao W, Chen S, et al. High-resolution QTL mapping for grain appearance traits and co-localization of chalkiness-associated differentially expressed candidate genes in rice[J]. Rice, 2016, 9(1): 48.
777娱乐下载 Liu H, Niu Y, Gonzalez-Portilla P J, et al. An ultra-high-density map as a community resource for discerning the genetic basis of quantitative traits in maize[J]. BMC genomics, 2015, 16(1): 1078.

至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome! 至尊大满贯 - Welecome!