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BSA性状定位

混合分组分析(Bulked-Segregant Analysis, BSA),又叫QTL-seq,用于质量性状或有主效基因的数量性状的基因定位,在遗传育种方面具有广泛的应用。选择两个性状差异较大的亲本进行杂交,对性状表型极端的子代进行DNA混池测序。通过计算两个混池基因型频率的差值,确定与性状相关的QTL所在的区域。进一步结合该区间的编码基因的突变信息,可以确定控制性状的候选基因以及候选功能突变。

应用领域
质量性状或有主效基因的数量性状(例如,植物抗病性)的基因初定位
单一性状的研究

技术路线

分析内容
1.测序数据质量评估 (碱基组成分布等)

2.原始数据过滤,去除含接头reads、低质量reads

3.与参考基因组比对

3.1比对基因组统计
3.2插入片段统计
3.3基因覆盖度分析
3.4测序深度分析

4.SNP分析统计
4.1SNP 检测
4.2SNP位置和功能注释
4.3SNP转换和颠换信息统计
4.4SNP杂合信息统计

5.InDel 分析统计
5.1InDel 检测
5.2InDel 位置和功能注释
5.3InDel杂合信息统计

6. BSA分析
6.1亲本间多态性比较
6.2子代SNP频数分析(SNP index和 ΔSNP index计算)
6.3目标性状相关区域定位
6.4目标区域候选基因分析

样品要求
样品浓度≥30ng/uL;总量≥6 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0

项目周期
标准流程完成时间为50个工作日(视具体样本数决定)。

参考文献
Xue H, Shi T, Wang F, et al. Interval mapping for red/green skin color in Asian pears using a modified QTL-seq method[J]. Horticulture research, 2017, 4: 17053.
Chen Q, Song J, Du W P, et al. Identification, Mapping, and Molecular Marker Development for Rgsr8. 1: A New Quantitative Trait Locus Conferring Resistance to Gibberella Stalk Rot in Maize (Zea mays L.)[J]. Frontiers in plant science, 2017, 8: 1355.
777娱乐下载 Watanabe S, Tsukamoto C, Oshita T, et al. Identification of quantitative trait loci for flowering time by a combination of restriction site–associated DNA sequencing and bulked segregant analysis in soybean[J]. Breeding science, 2017, 67(3): 277-285.

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