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eQTL分析

eQTL的全称是expression quantitative trait Loci,译为表达数量性状基因座。eQTL分析本质是在经典的连锁分析(基于家系群体)或全基因组关联分析(基于自然群体)中,使用基因表达信息(通常使用转录组检测的RNA表达丰度)作为表型,开展基因表达量与基因型间的相关性分析。通过eQTL分析,我们可以解析基因(DNA)突变对基因表达的调控关系,进而进一步从基因突变→基因表达→性状变化的角度解析复杂性状的调控机制。

应用领域
所有待研究基因型-基因表达关系的材料都可以开展eQTL分析。且eQTL分析结果可以进一步用于解析动植物各类数量性状、人类各类复杂疾病的调控机制。

技术路线


备注:转录组数据也可以用检测基因型(检测SNP)。因此仅仅基于转录组数据,也可以开展eQTL分析。但转录组测序无法检测基因间区的变异,因此为了得到更广泛的eQTL信息,建议采用全基因组重测序进行变异检测。

分析内容
1.标准分析

1)变异(SNP)检测
2)表达量检测
3)eQTL分析

2.高级分析
1)eQTL与靶基因数量统计
2)cis/trans QTL 分类与统计
3)eQTL位点相关基因的功能富集分析
4)eQTL热点分析

3. 个性分析
1)特定类型eQTL分析(例如 splicing eQTL,response eQTL)
2)不同eQTL网络的比较
3)关键eQTL位点上下游的解析
4)eQTL SNP与表型GWAS SNP的比较

样品要求
1.全基因组重测序:DNA浓度≥30ng/uL;总量≥6 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0。
2.转录组测序:以对应转录组测序要求为准;
3.推荐样本数:大于300个;

项目周期
一般在70个工作日,具体完成时间视项目具体规模(样本数和表型种类数)而定。


参考文献
Lee M, Ye C, Villani A, et al. Common genetic variants modulate pathogen-sensing responses in human dendritic cells.[J]. Science, 2014, 343(6175): 1246980-1246980.
Takata A, Matsumoto N, Kato T, et al. Genome-wide identification of splicing QTLs in the human brain and their enrichment among schizophrenia-associated loci[J]. Nature Communications, 2017.
Wang X, Chen Q, Wu Y, et al. Genome-wide Analysis of Transcriptional Variability in a Large Maize-Teosinte Population[J]. Molecular Plant, 2017, 11(3): 443-459.
Zhu G, Wang S, Huang Z, et al. Rewiring of the Fruit Metabolome in Tomato Breeding[J]. Cell, 2018, 172(1): 249-261.
Galpaz N, Gonda I, Shemtov D, et al. Deciphering genetic factors that determine melon fruit‐quality traits using RNA‐Seq‐based high‐resolution QTL and eQTL mapping[J]. Plant Journal, 2018, 94(1): 169-191.

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