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真核无参转录组

转录组是指某个物种特定细胞或组织在某一状态下所转录出来产生的所有转录本的集合。对真核无参生物进行转录组测序,获得参考序列后,可定量测定每个转录本在生长过程中和不同的条件下的表达水平的变化。通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或者器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

应用领域
样本全转录本信息获取
基因注释及筛选
基因差异表达研究

技术路线

分析内容
标准信息分析

1. 原始数据过滤,去除接头序列及低质量reads

2. 数据产出统计及测序质量评估(测序饱和度分析、测序随机性分析)

3. 转录组denovo组装


4. 组装质量统计与分析(Contig N50、Unigene*长度分布、reads覆盖统计)

5. Unigene表达统计(基因覆盖度,表达量、表达量丰度分布)

6. Unigene基本功能注释

6.1 Unigene Nr蛋白数据库注释
6.2 Unigene SwissProt蛋白数据库注释
6.3 Unigene COG/KOG注释及分类
6.4 Unigene GO功能注释及分类
6.5 Unigene Pathway代谢通路注释

7. Unigene高级功能注释
7.1 预测编码蛋白框(CDS)及Unigene序列方向预测
7.2 近缘模式生物同源基因CDS比较
7.3 Pfam蛋白结构域分析

8. SSR开发及引物设计
*此处Unigene 等同于“转录本”或“Transcript”

9. 样本关系分析(主成分分析(PCA)、相关性系数热图、样本聚类图)

10. 差异表达基因分析(两个或两个以上样品)

10.1 差异表达基因筛选
10.2 差异基因散点图与火山图
10.3 差异基因表达模式聚类分析(热图)
10.4 差异基因GO功能显著性富集分析
10.5 差异基因Pathway显著性富集分析

高级信息分析
1.SMART蛋白结构域数据库分析
2. PlantTFDB植物转录因子数据库分析(样本为植物时提供该注释)
3. AnimalTFDB动物转录因子数据库分析(样本为动物时提供该注释)
4. PRGDB植物抗病基因数据库分析(样本为植物时提供该注释)

样本要求
样品需求:总量≥5μg,浓度≥ 100 ng/μl
样品纯度:动物样品, RIN ≥7, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;
样品请置于1.5 ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管,干冰运输。

项目周期
标准流程完成时间为40个工作日。

参考文献
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777娱乐下载 Tang Q Y, Chen G, Song W L, et al. Transcriptome analysis of Panax zingiberensis identifies genes encoding oleanolic acid glucuronosyltransferase involved in the biosynthesis of oleanane-type ginsenosides[J]. Planta, 2018: 1-14.

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