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比较转录组

比较转录组针对同科、属内不同物种的mRNA序列进行分析,通过序列上的差异研究不同近缘种之间的进化关系及分化时间,以及通过序列比较挖掘受到正向或负向选择的基因,从而推测基因与环境适应相关性。

应用领域
物种进化关系
不同物种间亲缘关系研究
选择压力分析挖掘在不同生长环境下与适应性相关的基因
物种分化过程中, 逐步适应极端环境(高山、干旱地域等) 的分子机理

技术路线

分析内容
1.转录组统计

1.1序列统计
1.2 注释结果统计
1.3 CDS分析

2.蛋白家族分析
3.特有基因分析
3.1 GO富集分析
3.2 KEGG富集分析

4.共有基因分析
4.1基于单拷贝同源基因的进化分析
4.2物种分化时间预估
4.3全基因组复制分析
4.4选择压力分析

样本要求
样品需求:总量≥5μg,浓度≥ 100 ng/μl
样品纯度:动物样品, RIN ≥7, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;
样品请置于1.5 ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管,干冰运输。

项目周期
标准流程完成时间为40个工作日。

参考文献
Wang D, Fu J, Zhou R, et al. Transcriptome analysis of Sclerotinia ginseng and comparative analysis with the genome of Sclerotinia sclerotiorum[J]. Physiological and Molecular Plant Pathology, 2018.
Yi S, Wang S, Zhong J, et al. Comprehensive Transcriptome Analysis Provides Evidence of Local Thermal Adaptation in Three Loaches (Genus: Misgurnus)[J]. International journal of molecular sciences, 2016, 17(12): 1943.
Bhattacharya D, Agrawal S, Aranda M, et al. Comparative genomics explains the evolutionary success of reef-forming corals[J]. Elife, 2016, 5: e13288.

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