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蛋白标记定量分析

蛋白标记定量分析是指利用体外同位素标记(iTRAQ/TMT),对样本进行标记并混合上机检测,可同时比较2-11个样品的蛋白质表达差异,分析不同处理、或不同生理/病理状态下样本中的蛋白表达差异变化,获取蛋白质组分与丰度信息。蛋白标记定量技术具有技术成熟、应用广泛、系统误差较小、实验及数据分析难度低等优点,因此目前已广泛应用与蛋白定量分析。

应用领域
不同处理、不同生理/病理状态下样本中的蛋白质表达变化
蛋白调控网络研究

技术路线

分析内容
1. 标准信息分析

1.1 数据产出统计
1.2 蛋白数据库建立与Mascot软件搜索
1.3 蛋白质鉴定
1.4 蛋白质功能注释(GO功能、KEGG代谢通路、COG/KOG)
1.5 蛋白质定量
1.6 差异蛋白分析
1.7 差异蛋白GO/KEGG功能富集分析
1.8 多样品间表达模式聚类分析(三个或三个以上样品可提供)

2. 定制化信息分析
2.1 蛋白质组与转录组关联分析
2.2 蛋白互作网络分析

样本要求
1. 新鲜动物组织:≥200mg
2. 信息植物组织:≥2g
3. 新鲜培养细胞:≥5*106个细胞每管,3管
4. 真菌、细菌:≥200mg
5. 血清、血浆:150μl * 4管
6. 体液样本:尿液:5ml *4管(送样前需1000g离心5min,弃去沉淀),其他体液(唾液、羊水、细胞培养上清液等)要求5ml以上。
7. 蛋白溶液:蛋白总量500μg以上

项目周期
标准流程的运转周期约为55个工作日。

参考文献
Rauniyar N, Yates J R. Isobaric Labeling-Based Relative Quantification in Shotgun Proteomics[J]. Journal of Proteome Research, 2014, 13(12): 5293-5309.
Chahrour O, Cobice D, Malone J, et al. Stable isotope labelling methods in mass spectrometry-based quantitative proteomics.[J]. Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 2015: 2-20.
Luo M, Zhao Y, Wang Y, et al. Comparative Proteomics of Contrasting Maize Genotypes Provides Insights into Salt-Stress Tolerance Mechanisms[J]. Journal of Proteome Research, 2018, 17(1): 141-153.

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