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10x Gennomics 单细胞ATAC测序

多数基因组中的染色质都紧紧盘绕在细胞核内,但也有一些区域经染色质重塑后呈现出松散的状态,这部分无核小体的裸露DNA区域被称为开放染色质(open chromatin),而DNA复制和基因转录都发生在这些区域。染色质的这种特性叫做染色质的易接近性(chromatin accessibility),通过研究细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其转录调控。

10x Gennomics单细胞ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,单细胞染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。

应用领域
发现表观遗传变异引起的细胞异质性;
构建基因表达上游的基因调控网络;
定义细胞类型和分化状态;
预测疾病分子标志物。

技术路线

分析内容
标准信息分析
(需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果)
1.数据分析与质控:测序数据基本质控、样本基本信息结果统计
2.比对分析:测序饱和度分析、插入片段长度分布
3.Peak分析:peak信息统计、TSS周围信号分布、peak区域片段分布统计
4.单细胞亚群分类(降维、聚类、可视化)
5.Peak注释:peak相关基因注释、peak相关基因GO/KEGG功能富集分析
6.TF motif分析
7.亚群易接近性差异分析

定制化信息分析
和10x Genomics 转录组关联分析

样品要求
样本类型:单细胞核悬浮液(单细胞核悬液制备参考样本制备资料)
细胞类型:细胞系、原代细胞、冷冻保存样品
细胞核大小:小于40μm
数据量:推荐每个细胞核测25k read pairs

项目周期
标准流程完成时间为60个工作日。

参考文献
Buenrostro J D, Wu B, Litzenburger U M, et al. Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation[J]. Nature, 2015, 523(7561): 486.
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Buenrostro J D, Corces M R, Lareau C A, et al. Integrated single-cell analysis maps the continuous regulatory landscape of human hematopoietic differentiation[J]. Cell, 2018.
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